1. Abra o programa BioEdit
2. Abra o arquivo de seqüências, em formato "fasta", trecho1.fasta. Trata-se de um trecho do
genoma mitocondrial de espécies de mamíferos, onde:
Ovis = Ovis aries, ovelha,
Peryssodactyla, Bovidae
Oryctolagus = Oryctolagus
cuniculus, coelho selvagem europeu,
Logomorpha, Leporidae
Dasypus = Dasypus novemcinctus, tatu, Xenarthra, Dasypodidae
Ceratotherium = Ceratotherium simum, rinoceronte branco, Perissodactyla, Rhinocerotidae
Macropus = Macropus robustus, canguru, Marsupialia, Macropodidae
E_asinus, Equus asinus, jumento, Peryssodactyla, Equidae
Rhinoceros = Rhinocerus unicornis, Rinoceronte indiano, Perissodactyla, Rhinocerotidae
E_caballus, Equus caballus,
cavalo, Peryssodactila Equidae.
Didelphis = Didelphis virginiana, gambá ("opossum"), Marsupialia, Didelphidae.
Halichoerus = Halichoerus grypus,
foca cinzenta, Pinipedia, Phocidae
Homo = Homo sapiens, gente, Primates, Hominidae
P_troglodytes = Pan troglodytes,
chimpanzé, Primates, Hominidae
Phoca = Phoca vitulina, foca comum, Pinipedia, Phocidae
B_physalus = Balaenoptera physalus,
baleia fin, Cetacea
B_musculus =Balaenoptera musculus,
baleia azul, Cetacea
Bos = Bos taurus, vaca, Peryssodactyla, Bovidae
Ornithorhynchus = Ornithorhynchus anatinus, ornitorrinco, Monotremata
Gorilla, Gorilla gorilla, gorila, Primates, Pongidae
Erinaceus = Erinaceus europaeus, ouriço cacheiro, Insectivora, Erinaceidae.
Felis = Felis catus, gato doméstico Carnivora, Felidae
Hylobates = Hylobates lar,
gibão, Primates, Hylobatidae.
Pongo = Pongo pygmaeus, Orangotango, Primates, Hominidae
P_paniscus = Pan paniscus,
chimpanzé pigmeu ou bonobo, Primates, Hominidae
Rattus = Rattus norvegicus,
rato, Rodentia, Muridae
Sus = Sus scrofa, porco, Artyodactyla, Suidae
Mus = Mus musculus, camundongo, Rodentia, Muridae
Papio = Papio hamadryas,
babuíno, Primates, Cercopithecidae.
Loxodonta = Loxodonta africana, elefante, Proboscidae
Hippopotamus = Hippopotamus amphibius, Artiodactyla, Hippopotamidae
Canis = Cannis familiaris,
cachorro doméstico, Carnivora, Canidae.
Artibeus, Artibeus jamaicensis,
morcego jamaicano, Chiroptera, Phyllostomidae
3. Selecione algumas seqüências (não mais que
sete, por motivos práticos, o tempo computacional pode ser muito
alto) e realize um alinhamento
múltiplo com o ClustalW, fornecendo as penalidades de abertura e
extensão de lacunas para alinhamentos par a par e
múltiplo. Visualize o alinhamento e grave-o em arquivo.
4. Repita a etapa 3 quantas vezes achar conveniente com outros
parâmetros, tentando achar aquele que produza resultados mais
satisfatórios.
5. Localize as regiões mais problemáticas e, com o
auxílio de um banco de dados tente localizar os genes
correspondente às regiões problemáticas.
6. Discuta os resultados.